Find all SNPs of ALDOB gene in NCBI dbSNP.

提示1：請先到NCBI的SNP資料庫，查詢Gene Name是ALDOB的SNP，然後連結SNPLocusLink，就可找到所有ALDOB SNP的訊息。
提示2：OMIM全寫是Online Mendelian Inheritance in Man,人類遺傳疾病的資料庫。

1. Show the SNP graph.

Ans:
1. 連到NCBI首頁，進入之後點選右手邊的SNP連結。

2. 在上方對話框中輸入 "ALDOB[Gene Name]" 查詢名稱為ALDOB的SNP。
3. 結果出來後，點選最上方的查詢結果的"L"進入其LocusLink。

4. 在LocusLink頁面下方即可看到SNP graph如下圖。

2. Give the dbSNP rs# (cluster id) which the nonsynonymous change related to Fructose intolerance disease.

Ans:
1. 接續上面結果，在SNPLocusLink頁面中點選有OMIM資料的SNP的OMIM連結，發現此二SNP皆與Fructose intolerance disease有關。此二SNP之rs number分別為rs1803088與rs1800546。

3. Show these changed residue sites in ALDOB's structure neighbor with Cn3D.

Ans:
1. 接續(2)部分的結果，在SNPLocusLink頁面中點選rs1803088之Cn3D連結。

2. 點選之後會出現以下畫面，選取rs1803088及rs1800546兩項，然後點選下面的Cn3D:Selected按鈕。之後即會出現此二SNP site及其附近的3D結構。

CTACCATTGAGGAGGTGGATTAGGGGCCTTTGTTCTTTAGTATGTTTGTCTTTGAGGTGG
ACTGTTGGGACTCAAGGACTTTNCTGCTGTTTTCCTATGTCATTTCTGCTTCAGCTCTTT
GCTGCTTCACTTCTTTGTAAAGTTGTAACCTGATGGTAATTAGCTGGCTTCATTATTTTT
GTAGTACAACCGATATGTTCATTAGAATTCTTTGCATTTAATGTTGATACTGTAAGGGTG
TTTCGTTCCCTTTAAATGAATCAACACTGCCACCTTCTGTACGAGTTTGTTTGTTT

You got this EST sequence from sequencing:

1. use BLAST to identify the ID and name of the UniGene cluster that this EST may belong to.

Ans:
1. 進入NCBI網頁，選取畫面上方BLAST之後點選Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)。
2. 於對話框中輸入上述DNA序列，並且限制所搜尋的資料庫為EST database。完成之後按下BLAST鈕。

3. 待查詢完成之後按下format鈕即可得到如下結果。點選第一個項目的"U"圖示進入其UniGene連結。

4. 於UniGene連結頁面中即可看到此EST屬於UniGene cluster Hs.274402 Homo sapiens，名稱為HSPA1A: Heat shock 70kDa protein 1A。

2. How many mRNA and EST sequences belong to this UniGene cluster?

Ans:
1. 接續(1)的結果，在此UniGene頁面下方Sequence Information一段中可以看到此UniGene cluster共有6個mRNA以及300個EST sequence。