保護區共同管制事項：

禁止騷擾、虐待、獵捕、垂釣或宰殺一般類及保育類野生動物等行為。

非經主管機關及雪霸國家公園管理處之許可，不得任意野放或引進生物。

禁止非法採取或砍伐野生植物等行為。

禁止任意丟擲或傾倒垃圾排放污水及其他污染環境之行為。

進行調查研究工作，須經主管機關許可。

保護區公告前之區內既有建設、土地利用或開發行為，如對野生動物構成重大影響，主管機關得要求當事人或目的事業主管機關限期改善。公告前之現有辦公廳、宿舍不得擴建，並應加強污水處理系統、廢棄物管理及植生綠化。

禁止疏浚、濫建、濫墾、濫伐、濫葬、採取岩石或礦物及其他破壞保護區自然環境等行為。但在不破壞野生動物主要棲地及影響野生動物棲息情況下，主管機關得採取必要之棲地改善、復育等保育措施，或設置相關之保育解說設施。

管制農藥肥料之使用：應使用低毒性農藥，嚴禁使用經政府公告禁用之農藥及未經發酵之有機肥料。

現有農業經營設施，加強污染防治措施。

武陵農場六年轉型計畫之執行，應先徵得保護區、國家公園及其他相關主管機關之同意。

其他依野生動物保育法、森林法、及國家公園法等相關法令所規定之事項。

核心區特別管制事項：

保護區公告前之核心區內既有之人為設施有妨害鮭魚生態者，應予限期改善；無法改善者，應予拆除。除因保育需要並經主管機關許可，不得新設任何設施。

非經主管機關之許可，禁止砍伐植物，並於劃設後立即進行全面造林。

非經主管機關之許可，禁止改變原有地形、地物。

禁止廢水、農業肥料及農業之殘留物流入。

核心區內既有道路以外地區，非經主管機關之許可，不得進入。

緩衝區特別管制事項：

農地完成水土保持措施，長期作物應有草生植被，短期作物需完成平台階段，農地排水需設置貯留槽，行間接排水。

武陵農場北谷地區依農場六年轉型計畫，逐步減少農業生產，並逐年完成造林。

區內除非為緊急救災區需要，禁止從事林木伐採、採取森林副產物等行為。

主管機關及雪霸國家公園管理處應加強巡邏、制止、取締及查報各種破壞行為，並加強保育教育宣導、防火宣傳等工作。