當時之保護措施包括：禁止放流其他鱒魚屬的魚和魚卵，部分支流禁止以漁網與築堤捕魚，產卵季節禁止在七家灣溪捕魚，七家灣溪兩岸直徑三百公尺內禁止砍伐林木及變更地形等行為。櫻花鉤吻鮭在日據時代其數量甚多，主要棲息於大甲溪上游之合歡溪、南湖溪、司界蘭溪、七家灣溪及有勝溪等支流，其中以司界蘭溪、七家灣溪數量最多。櫻花鉤吻鮭所需棲地環境較嚴苛，要有適當之蔽蔭、冷冽清淨之溪水，且有水瀨、急灘及深潭之多樣性河床與礫石底質和豐富水棲昆蟲等條件，此乃櫻花鉤吻鮭之所以能在七家灣溪地區棲息之主要原因。 由於人為直接及間接因素之影響，櫻花鉤吻鮭棲息地有惡化現象，造成族群數量銳減，民國五、六十年代時僅剩下司界欄溪七家灣溪有其蹤影，至民國七十三年再調查時，只在七家灣溪約五公里左右尚有櫻花鉤吻鮭之存在，數量估計僅約二百餘尾。鑑於櫻花鉤吻鮭有滅絕危機，政府相關單位相繼推動保育工作如次：

民國六十三年起已辦理大甲溪水質之環境及高山魚類生態保護調查，並建造一座櫻花鉤吻鮭自然繁殖場，進行復育研究。
民國六十六年台灣省林務局將櫻花鉤吻鮭棲息地劃為國有林自然保護區。
民國七十三年經濟部依文化資產保存法指定公告櫻花鉤吻鮭為珍貴稀有動物。
民國七十四年行政院農業委員會接辦自然生態保育工作，並實施人工復育及放流工作，以增加溪流中櫻花鉤吻鮭族群數量。
民國七十八年行政院農業委員會依野生動物保育法列為瀕臨絕種保育類野生動物。
民國八十一年內政部依國家公園法將七家灣溪集水區劃入雪霸國家公園範圍，並由雪霸國家公園管理處負責管理。
民國八十四年九月廿三日行政院農業委員會依野生動物保育法將七家灣溪億年橋以上集水區公告為野生動物重要棲息環境。

近十餘年來，政府相關單位及學術機構，進行櫻花鉤吻鮭之保育調查、研究及宣導教育等工作，其成果並已奠定未來推動櫻花鉤吻歸保育工作之基礎，惟目前櫻花鉤吻鮭之生存仍有諸多威脅因素，相關機關曾先後召開多次會議研商保育措施，咸認為棲地保護、改善及相關復育工作之推動為當務之急。

行政院農業委員會於八十四年三月二日召開「櫻花鉤吻鮭野生動物保護區規劃座談會」時，即獲致結論將依野生動物保育法來劃定公告該保護區，並於八十四年四月十一日函請台灣省政府依該法有關規定進行保護區之規劃事宜；農委會復於八十四年七月十、十一日邀請內政部、行政院退除役官兵輔導委員會、雪霸國家公園管理處、武陵農場、台灣省政府、林務局、特有生物研究保育中心及其他有關機關、學者專家、民意代表等約五十人於台中縣武陵地區，與台中縣政府共同召開「櫻花鉤吻鮭野生動物保護區範圍規劃現勘及協調會」，除確定櫻花鉤吻鮭野生動物保護區規劃範圍外，並就未來保護區保育計畫中重要管制原則，以及各機關配合事項，達成初步共識為有效保護櫻花鉤吻鮭的棲地，在保護區保育計畫中，將於七家灣兩岸崖地起三十公尺劃為嚴格保護的核心地區，並且在八十五年十二月底前檢討擴增此保護帶之範圍，最好能達到五十公尺以上；現有武陵路以東，不得種植短期作物，並在一定期間內改變作物利用型態、恢復原生植物造林，以上將採漸進方式，並盡量配合武陵農場六年轉型計畫，惟必須在明年十二月底前檢討擴增上述保護內三十公尺保護帶之範圍，最好能達到五十公尺以上；至於武陵路以東現有居民之遷建問題，則請輔導會與內政部儘速協調確定，以利保護區保育計畫之研訂；現有林務局於上述三十公尺保護帶內補植大苗，促進造林；登山遊客量之影響衝擊請雪霸國家公園管理處研究管制措施；有關司界蘭溪等區域，俟櫻花鉤吻鮭放流復育成功，可隨時檢討納入保護區範圍內。 由於本保護區保育計畫書圖之研擬，涉及中央、地方各層級、各部門權責分工合作等協調問題。為協助台中縣政府進行該保護區之劃定公告，農委會於八十五年一月十一日召開「協商台中縣政府武陵櫻花鉤吻鮭野生動物保護區規劃及公告時程會議」，並成立「櫻花鉤吻鮭野生動物保護區保育計畫書圖草案規劃小組」（小組委員由：學者專家三人、農委會二人、內政部一人、行政院退除役官兵輔導委員會一人、內政部營建署雪霸國家公園管理處二人、行政院退除役官兵輔導委員會武陵農場一人、台灣省政府一人、台灣省林務局一人、台灣省特有生物研究與保育中心一人、台中縣政府二人等共計十五人組成），負責保護區保育計畫書圖草案之擬定。經召開三次規劃小組會議，確定計畫書圖草案內容，並於八十五年四月下旬函送台中縣政府，俾依法層報保護區之劃定計畫。