Homework7

進入NCBI之後，click BLAST的選項，在輸入2940個base之後， 找到了341筆相似的DNA sequence，其中以下這五筆資料中的 sequence都可達到最高程度的 identity

dbj|D88622|D88622  Bicistronic retroviral vector                     2845  0.0
gb|M28248|SYNMMLPLN4  Moloney murine leukemia virus retroviral v...  2845  0.0
gb|M64753|SYNMOV1  Moloney murine leukemia virus retroviral vect...  2845  0.0
gb|M64754|SYNMOV2  Moloney murine leukemia virus retroviral vect...  2845  0.0
gb|M77239|SYNRRV  Cloning vector pLXSH from Moloney murine leuke...  2845  0.0

在點選第一筆資料之後，我們可以得到 Moloney murine leukemia virus retroviral vector pLXSN 的完整sequence，由前次查詢中，我們可以知道我們所輸入的 sequence是在 Moloney murine leukemia virus retroviral vector pLXSN第 165個base到第1653個base處相似，這些部份在原vector上的功能 如下︰
     LTR             175..763
                     /note="Mo-MuSV 5' long terminal repeat"
     misc_recomb     174^175
                     /note="mouse DNA end/Mo-MuSV DNA start"
     misc_signal     833..1642
                     /note="extended packaging signal"
     misc_recomb     1163^1164
                     /note="Mo-MuSV DNA end/Mo-MuLV DNA start"
     mutation        1223..1225
                     /note="gag ATG start codon to TAG stop codon"
     misc_recomb     1654^1655


故推測Sho-Hua cloned出來的這個gene，其功能應近似於上述 的sequence


進入NCBI後，click Entrez後，進入nucleotides search， 在查詢項目中選擇Organism，並鍵入Lycopersicon esculentum (Tomato)，即可查到1273筆sequence，之後在查詢項中再加入 All Fields->heat shock protein，即可查到9筆資料，其中就有一篇 Lycopersicon esculentum class II small heat shock protein Le-HSP17.6 mRNA, complete cds，其cds如下： 

     CDS             108..584
                     /note="heat treatment/chilling tolerance related protein
                     from tomato fruit"
                     /codon_start=1
                     /product="class II small heat shock protein Le-HSP17.6"
                     /db_xref="PID:g1773291"
                     /translation="MDLRLLGIDNTPLFHTLHHMMEAAGEDSDKSVNAPSRNYVRDAK
                     AMAATPADVKEYPNSYVFVVDMPGLKSGDIKVQVEEDNVLLISGERKREEEKEGAKFI
                     RMERRVGKFMRKFSLPENANTDAISAVCQDGVLTVTVQKLPPPEPKKPKTIEVKVA"