樣本DNA在放大的時候，同時會加上標定物質，如果樣本DNA能與probe DNA雜交的話，就能留在載體上而被辨識出來，通常標定物質有下列幾種：

其實基因晶片最重要的地方不在晶片本身，最重要的是DNA。因為一個基因晶片是否能做有效的判讀，要看是否有一個好的probe DNA，可以做有效且準確的檢測。所謂好的probe DNA需要符合下列的條件：

DNA的長度要適當。太長的話製造成本太高，尤其是超過十幾個mer的oligonucleotide製造成本會大幅上升，而且製造過程中容易出錯。太短的話則無法分辨出不同的樣本DNA，所以DNA的長度要能夠兼顧成本以及有效的辨認能力。根據上課的演講者表示5到15個mer是比較適合的長度。
DNA的序列要具有專一的辨識能力。因為一個基因的長度是以kbp為單位的，所以要如何設計一個十幾個mer的probe DNA去辨識一個基因是一件不容易的事情。因此在以後各家晶片公司的寶貝就會是probe DNA的序列，可以預見將來申請DNA序列的專利會越來越多，而專利權大戰也將會由晶片的製造方法延燒到DNA的序列。此外基因晶片的序列設計將會是崛起的產業，因為晶片製造商無法通吃全部的DNA序列專利，所以可以讓專門的序列設計公司生存，更有彈性的方式取得DNA序列專利，設計出probe DNA的序列，然後再交由晶片製造商去做出晶片來。