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人類白血球抗原（HLA）為位於第六對染色體上的基因組。先前的研究中發現，在具有特別HLA基因型（A2/B64, A33/B58）的人，其鼻咽癌的罹病率較常人高出2~3倍。進一步的研究則指出，HLA基因型並不會直接影響到鼻咽癌的罹病率。而提高患者罹病率的原因可能是位於染色體上HLA基因附近的其他基因。經由microsatellite的研究顯示，這些可能提高鼻咽癌罹患率的基因位置可能在MHC class I基因的中心端(centromeric end)，以及位於class III基因的末端。目前已經發現在這些段基因中有數個microsatellite標記位和鼻咽癌的罹患率提高有關。
參考資料：Ooi EE., Ren EC., and Chan SH. "Association between microsatellites within human MHC and nasopharyngeal carcinoma." Intl J Cancer. 74(2):229-32, 1997
鼻咽癌的組織中檢測到EB病毒的存在
鼻咽癌的發生似乎和EB病毒的感染有相當大的關係。在病患的鼻咽癌組織檢體中，利用鏈聚合反應（PCR）及原位雜交（in situ hybridization）法來檢測檢體中EB病毒的存在情況，發現有超過90%的檢體有呈現EB病毒基因陽性反應。在鼻咽癌組織上的研究亦顯示：有少量的EB病毒基因會在鼻咽癌細胞中表現，其中包括潛伏感染膜蛋白（latent membrane protein, LMP-1）。LMP-1在先前已被證實會造成B淋巴球的轉型而癌化（另一種由EB病毒所感染而引起的白血病）。因此，LMP-1在鼻咽癌組織的表現亦被認為是造成鼻咽上皮細胞癌化的主要原因。由於EB病毒有不同的亞型，而不同的亞型間LMP-1的形式也不盡相同。目前這些不同形的EB病毒對於鼻咽細胞癌化的能力正在研究中。
參考資料：Tsai ST., Jin YT., Mann RB., and Ambinder RF.. "Epstein-Barr virus detection in nasopharyngeal tissue of patiens with nasopharyngeal carcinoma." Cancer. 82(8):1449-53, 1998
Sung NS., Edwards RH., Seillier-Moiseiwitsch F., Perkins AG., Zeng Y. and Raab-Traub N. "Epstein-Barr virus strain variation in nasopharyngeal carcinoma from the endemic and non-endemic regions of China." Intl J Cancer. 76(2):207-15,1998