首先將翡翠水庫生態系統內生物分為八組生物單元：

1. 肉食性魚類(Carnivorous)；
2. 雜食性魚類(Omivorous)；
3. 中型雜食性魚類(Medium Omivorous)；
4. 小型雜食性魚類(Small Omivorous)；
5. 草食性魚類(Herbivorous)；
6. 動物性浮游生物(Zooplankton)；
7. 植物性浮游生物(Phytoplankton)；
8. 屑食者(Detritus)。

就每個月定期的捕撈作業，我們可以估算第1組至5組生物單元之：生物量（由漁獲量估算t/km2year1）、單位生物量之生產量（利用Fishbase（www.fishbase.org）所查得之資料），以及單位生物量之代謝消耗量（利用Palomares和Pauly（1989）所提出之方程式計算：

Q/B=3.06xWαxTc0.6121xAr0.5156x3.53Hd，

• Wα：代表該種魚類中最大之濕重克數。
• Tc ：為棲地平均溫度（℃）之代號，以27℃代入。
• Ar ：魚尾鰭高度（H）的平方除上尾鰭之面積（S），稱為尾幅比（H2/S）。
• Hd：為食物型態代號，0表示肉食，1表示草食性和屑食者
• ※註：此程式只適用於推進力主要來自於尾鰭的魚種）

第6組生物單元動物性浮游生物由於較缺乏直接可利用之資料，故由其他湖泊之資料來推算。翡翠水庫中之動物性浮游生物主要以枝角類、橈腳類和輪蟲為主，其在湖泊之生產量（P）大約只有2.0 t/km2year1，P/B值為14左右（Waters，1977），由於水庫可視為一人工湖泊，預設P/B值會略高於天然湖泊，在此以16為輸入值。橈腳類在333K乾燥狀態下，其乾濕重的比率為9.2~33.9%（Omori，1969），取中間值22%換算。則P值2/0.22=9，再代回P/B值，可得B值9/16=0.56 （t/km2year1），取0.6為輸入值。Q/B值之估算則利用P/B除以Q/B值等於食物轉換效率（food conversion efficiency）之方式，一般生物之食物轉換效率介於0.1~0.3之間，即生物之攝食代謝量為生產量的3到10倍（Christensen ＆ Pauly，1992）。因此（P/B）/（Q/B）值取0.26落於0.1~0.3之間，換算可得Q/B值16/0.26=62，以62為輸入值。

第7組植物性浮游生物可經由葉綠素a（Chlorophyll a；Chl a） 的值與植物性浮游生物細胞數來計算。

• Chl a：C = 25：1
• C：DW（乾重）= 1：2.5
• DW：WW（濕重）= 1：5
• ＝＞ Chl a：WW = 2：1

又翡翠水庫最大水深為110米（白，1999），取平均水深60米。則植物性浮游生物之生物量為2×10-6g/10-3m3×60m＝0.12（t/km2year）