翡翠水庫生態系統和其它生態系統一樣，其中生物生產過程是開始於處在食物鏈起端的生產者（綠色植物和光合細菌），它們利用太陽能把二氧化碳、水和營養鹽合成為有機物；生產者被處於食物鏈的第二環節的一級消費者（如草（藻）性魚類及浮游動物）所利用，而後者又被處在食物鏈第三環節的二級消費者（如動物食性的魚類和無脊椎動物）或處在食物鏈末端的三級消費者（肉食性凶猛魚類）所利用；所有未被捕食而自然死亡之生物體，以及各種生物之代謝產物、分泌物、殘渣等，在還原分解者（如細菌）的作用下又分解為營養鹽類，重新供生產者所利用，參加物質再循環過程。這就是湖泊生態系統中所發生的生物學過程，即各個營養層級的生物之間的互相依靠、互相調節、互相控制的自身反饋的過程，這個過程主要是受著能量流動和物質循環規律所制約。

整個生態系統除了能量流轉之外，生物的數量、分布狀況、排泄物、生理狀況等等，都和整體水庫的水質有密切的相關性。例如許多人關心的水庫中的魚是否已經太多了？魚是否只是集中在某些區域或是平均的分布在水庫各地？魚的排泄物是否污染水庫的水質了？如果魚有生病，是否代表水質有問題？這些問題都是許多主管官員、民意代表和民眾所關切的項目。經過數年來陸續建立的基礎資料以及其他相關的參考文獻，初步已經可以了解各項關聯性了。因此在此時整理相關的研究資料以及建立一套生態模擬系統，藉由各種水文和生物調查結果的數據變化，來反應整體水庫水質的好壞程度，提供給管理單位作為操作的參考，以及讓民眾了解水庫的生態現況。但生態系模擬部份須團隊合作，目前受限於經費、時間、人力，故應調整部份工作比例。由食物鏈角度來看，目前尚缺浮游動物，底棲生物，微生物等資料。由於水庫的整體生物相各個組成的基礎研究相當缺乏，需要有更多的研究人員加入，因此有必要請主管單位邀請更多的學者專家共同參與研究並協助本計畫的執行。