通常水庫主要是在河流上築壩攔逕流而成的一種人工湖，其生態介於河湖之間。水庫與河流一樣，庫形狹窄都有沿一定方向流動的水流，並可分為上游、中游、下游三個區段；但水庫水流緩弱，並且通常只限於上層，這點又類似湖泊。

一般而言，水庫浮游生物基本是由河流浮游生物形成發展的，河流浮游植物以矽藻為主，進入水庫後由於水減慢，原來底生和附生藻類先和泥沙等懸浮物一道下沉，而浮游種類則由於光照條件好轉和擴大了生活空間而迅速增長，並形成優勢種群。但是以上游到下游的流動過程中，隨著水流速度的繼續減緩，矽藻先於其它浮游藻類而開始下沉，流程越長，矽藻下沉越多，因此以矽藻為主的河川型水庫，其浮游植物種、量通常顯示以上游向下游遞減的趨勢。但是，如果原河流的含砂量很大，上游區的渾濁度仍然較大，則浮游植物的高峰移到中游區。

同樣的浮游動物也是江河、湖泊和水庫的一個重要生態類群。它主要包括原生動物、輪蟲、枝角和橈足類，這些生物是許多經濟魚類和水產動物的餌料基礎，絕大多數的幼魚和部分成魚均以浮游動物為食。它們的種類組成和數量變動與魚類的產量直接相關。水庫浮游動物生物量的高低，受水庫的類型、庫盆的形態和水位變化的影響，一般來說缺少植被，水中含泥沙量大，懸浮物多，有機物少，透明度低的水庫，影響浮游植物和細菌生長，浮游動物的生物量也低，反之則高。

水庫原有河川型的魚類在水庫開始蓄水後逐漸為湖泊型魚類所取代。因此在水庫的中'下游區域通常以湖泊型的魚類為主，而河川型的魚類則分布在水庫的上游區域及水庫周邊支流匯入的地方。