1994 碩士 林思民 青將魚粒線體去氧核醣核酸控制區 (D-loop) 之研究

1996 碩士 王子元 台灣與鄰近地區腹吸鰍族魚類之親緣關係研究

1996 碩士 王昱人 台灣鉤吻鮭與日本櫻花鉤吻鮭遺傳多樣性之研究

1996 碩士 楊正雄 水溫對櫻花鉤吻鮭族群的影響

1997 碩士 林恿欣 鰻鱺屬 (Genus Anguilla) 之系統分類研究

1997 碩士 蕭仁傑 秀姑巒溪洄游性蝦虎魚初期生活史與資源量

1999 碩士 吳家福 東北角雙溪河口魚類週期性變動之研究

1999 碩士 廖德裕 台灣產埔里華吸鰍族群間分子親緣關係之研究

2000 碩士 林旻翰 秀姑巒溪鱸鰻鰻苗夏季上溯族群動態研究

2000 碩士 邱春火 由耳石日週輪探討七家灣溪台灣鏟頜魚仔稚魚的日齡及成長

2000 碩士 陳新言 高身白甲魚（ Onychostoma alticorpus ）族群間親緣地理學之研究

2000 碩士 陳聖宗 台灣與鄰近地區小鰾鮈分子親緣關係之研究

2000 碩士 繁玉萍 台灣島形成過程對台灣淡水魚族群遺傳結構影響之研究

2001 博士 陳豐奇 人類與巨猿間之遺傳距離

2001 碩士 侯景祥 台灣香魚族群遺傳結構之研究

2001 碩士 葉仲書 秀姑巒溪季節性上溯鱸鰻之族群遺傳結構

2002 碩士 林偉彥 利用水族生物環境檢測法建立河川水質之監測系統

2002 碩士 劉芝麟 台灣產六鰓魟種間分子親緣關係之研究

2004 博士 王子元 東亞地區爬鰍科的分類、演化與親緣地理學

2004 碩士 洪東耀 以粒線體 DNA 探討台灣產鱨類生物地理學

2006 博士 劉名允 沼蝦屬分子系統分類及台灣的粗糙沼蝦親緣地理和族群遺傳探討

2006 碩士 潘頎均 攔河堰對河川生態影響之研究—以濁水溪集集攔河堰為例

2006 碩士 陳文彥 以水族生物環境檢測法探討植生對於河川自淨作用的影響—以豆子埔溪為例