期刊論文

Lin, Y.S., Y. P. Poh, S. M. Lin and C. S. Tzeng, 2002, Molecular techniques to identify freshwater eels: RFLP analyses of PCR-amplified DNA fragments and allele-specific PCR from mitochondrial DNA. Zoological Studies, 41(4): 421-430.

Liu, H., C.S. Tzeng, and H.Y. Teng, 2002, Sequence variations in the mitochondrial DNA control region and their implications for the phylogeny of the Cypriniformes. Canadian Journal of Zoology, 80: 569-581.

Lin, Y. S., Y.P. Poh and C. S. Tzeng, 2001, Which is the dispersal route of the ancient Atlantic eels: reanalysis of the phylogeny of freshwater eels. Journal of Taiwan Fisheries Research, 9(1&2): 161-173.

Chen, F.C., E.J. Vallender, H. Wang, C.S. Tzeng, W.H. Li, 2001, Genomic divergence between human and chimpanzee estimated from large-scale alignments of genomic sequences. Journal of Heredity, 92(6): 481-489.

Chen, Y.C., S.S. Kung, B.Y. Chen, C.C. Hung, C.C. Chen, T.Y. Wang, Y.M.Wu, W.H. Lin, C.S. Tzeng, W.Y. Chow, 2001, Identifications, classification, and evolution of the vertebrate alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid (AMPA) receptor subunit genes. Journal of Molecular Evolution, 53(6): 690-702.

Lin, Y. S., Y. P. Poh, C. S. Tzeng, 2001, A phylogeny of freshwater eels inferred from mitochondrial genes. Molecular Phylogenetic Evolution, 20(2): 252-261.

Shiao, J. C., C. S. Tzeng, C. L. Leu, and F. C. Chen, 1999, Enhancing the contrast and visibility of daily growth increments in fish otoliths etched by proteinase K buffer. Journal of Fish Biology, 54: 302-309.

Wang, T. Y., C. S. Tzeng, and S. C. Shen, 1999, Conservation and phylogeography of Taiwan paradise fish, Macropodus opercularis Linnaeus. Acta Zoologica Taiwanica 10(2): 121-134.　

Zhong, J. S., and C. S. Tzeng, 1998, A new species of Rhinogobius from China (Perciformes: Gobioidae). Zoological Research, 19(3): 237-241.　

Wang, H. J., P. C. L. Chang, C. H. Kuo, C. S. Tzeng and W. C. Wang, 1998, Characterization of the C-terminal domain of Helicobacter pylori vacuolating toxin and its relationship with extracellular toxin production. Biochemical and Biophysical Research Communication, 250: 397-402.

Tzeng CS, Hui CF, Shen SC, Huang PC, 1992, The complete nucleotide sequence of the Crossostoma lacustre mitochondrial genome: conservation and variations among vertebrates. Nucleic Acids Research, 20(18): 4853-4858.

研討會論文

Tzeng, C. S., and J. C. Shiao, 1999, Upstream migrating pattern and contrary early life history of the amphidromous gobies in one Eastern Taiwan stream. Abstracts of International Symposium on Fish Systematics, Ecology and Physiology, in Acta Zoologica Taiwanica :66.

Wang, T. Y., Chyng-shyan Tzeng, and Shih-chieh Shen, 1999, Molecular phylogeny of Taiwan paradise fishes, Macropodus opercularis Linnaeus, Abstracts of International Symposium on Fish Systematics, Ecology and Physiology, in Acta Zoologica Taiwanica: 75.

Lin, S. M., Y. S. Lin, C. F. Huang and C. S. Tzeng, 1999, The phylogenetic study on the endangered ricefish (Oryzias latipes) from Taiwan. Abstracts of International Symposium on Fish Systematics, Ecology and Physiology, in Acta Zoologica Taiwanica: 75.

Lin, Y. S. Y. P. Poh, and C. S. Tzeng, 1999, Phylogeny of the genus Anguilla, Abstracts of International Symposium on Fish Systematics, Ecology and Physiology, in Acta Zoologica Taiwanica: 76.

Lin, S. M., Y. S. Lin, C. F. Huang, and C. S. Tzeng, 1998, The phylogenetic study on the endangered ricefish (Oryzias latipes) from Taiwan. Proceedings of XVIIIth International Congress of Genetics, Kunming Satellite Conference,,:68-69.

Wang, Y. J., and C. S. Tzeng, 1998, Genetic diversity between Japanese and Formosan masu salmon. Proceedings of XVIIIth International Congress of Genetics, Kunming Satellite Conference,,:36-37.

Tzeng, C. S., 1998, Variable freshwater recruitment and duration at the estuary before upstream migration in the amphidromous goby Rhinogobius gigas in Eastern Taiwan. 2^nd International symposium on Fish Otolith Research and Application., :238.

Leu, C. L., J. C. Shiao, C. S. Tzeng, 1998, Recruiting variation and the early life history of Anguilla marmorata: migrating from the spawning ground to the northern boundary, Taiwan. 2^nd International symposium on Fish Otolith Research and Application., :242.

Shiao, J., C. C. L. Leu, F. C. Chen, C. S. Tzeng, 1998, A novel means of identifying daily growth increments in otolith of fish by Proteinase K., 2^nd International symposium on Fish Otolith Research and Application, 164

Aonuma, Y., C. S. Tzeng, and etc, 1995, Morphological and genetic variation of Rhinogobius nagoyae with notes on its zoogeography, Abstracts for the 28th annual Meeting of Ichth. Soc. Japan. : 28.

Tzeng, C. S., P. C. Huang, S. C. Shen, and C. F. Hui, 1994, Molecular evolution of homalopterid fishes of Taiwan. , Abstract of Symposium and Workshop on Molecular Systematics and Evolution, Academia Sinica,: 38-39.

曾晴賢, 1999, 台灣櫻花鉤吻鮭棲息環境變遷與族群現況的關係, 中日國家公園暨保護區經營管理研討會論文集, ：193~224頁。

曾晴賢、王昱人, 1999, 櫻花鉤吻鮭基因均質化的危機, 1999生物多樣性研討會論文集：251~257頁。

劉傑倫、蕭仁傑、曾晴賢, 1998, 台灣東部秀姑巒溪的鱸鰻初期生活史, 中國生物學會與中華民國溪流環境協會八十七年聯合年會論文摘要集, 第25頁。

曾晴賢、王子元、沈世傑, 1997, 纓口鰍類群的生物地理與類緣關係, 東亞生物地理與親緣關係及保育研討會,：109~124頁。

曾晴賢, 1997, 台灣溪流魚類之生物地理研究, 1996年海兩岸自然保育與生物地理研討會論文集, ：213~214頁。

曾晴賢、林勇欣, 1997, 利用分生技術解決鰻苗鑑別的問題並建立鰻鱺屬種間的類緣關係, 台灣省水產學會86年度論文發表會摘要集, 第83頁。

曾晴賢、王昱人, 1997, 台灣鉤吻鮭與日本櫻花鉤吻鮭遺傳多樣性之研究, 台灣省水產學會86年度論文發表會摘要集, 第56頁。

曾晴賢、蕭仁傑, 1997, 洄游性大吻蝦虎的加入與溯河動態之研究, 台灣省水產學會86年度論文發表會摘要集, 第56頁。

曾晴賢、蕭仁傑, 1997, 秀姑巒溪洄游性蝦虎資源量估算與洄游行為模式初探, 1997年動物行為及生態暨兩棲爬行動物保育研討會報告摘要, 第42頁。

曾晴賢、楊正雄、陳豐奇、王昱人、劉傑輪、林宗以、朱惠菁、張雅婷, 1997, 颱風與攔砂壩對櫻花鉤吻鮭族群分布的影響, 1997年動物行為及生態暨兩棲爬行動物保育研討會報告摘要, 第25頁。

曾晴賢、楊正雄, 1997, 七家灣溪水溫對櫻花鉤吻鮭族群分布的影響初探, 1997年動物行為及生態暨兩棲爬行動物保育研討會報告摘要, 第20頁。

曾晴賢、林思民、林勇欣, 1997, 青將魚的再發現與保育, 1997年動物行為及生態暨兩棲爬行動物保育研討會報告摘要, 第8頁。

曾晴賢、蕭仁傑, 1996, 以耳石技術探討大吻蝦虎的生活史, 1996年動物行為及生態研討會報告摘要, 第8頁。

曾晴賢、林勇欣, 1996, 台灣與大陸產極樂吻蝦虎族群間類緣關係之研究, 中國生物學會八十五年度論文發表會摘要集, 66頁。

曾晴賢、林思民, 1996, 台灣與日本產青將魚粒線體DNA控制區之定序與比較, 中國生物學會八十五年度論文發表會摘要集, 65頁。

曾晴賢, 1996, 台灣溪流魚類之生物地理研究, 海峽兩岸自然保育與生物地理研討會論文摘要, 11∼12頁。

曾晴賢、蕭仁傑, 1995, 秀姑巒溪洄游性魚苗溯河行為的研究, 第三屆野生動物行為研討會論文摘要, 第9頁。

專書及專書論文

曾晴賢, 1999, 櫻花鉤吻鮭族群監測和生態調查（二）, 雪霸國家公園管理處印行, 43頁﹒

曾晴賢, 1999, 魚貝類應用於翡翠水庫水質保全和監測上的研究(3), 台北翡翠水庫管理局印行, 69頁﹒

曾晴賢、李國隆, 1998, 高雄農田水利會高屏溪固床工周邊河段生態之影響調查評估, 曹公農業水利研究發展基金會印行, ：115頁。

曾晴賢, 1998, 分子生物技術在生物分類與演化上的應用, 在林榮耀主編「通識版生物技術」第十九章，教育部顧問室出版, 277-294頁。

曾晴賢, 1998, 魚貝類應用於翡翠水庫水質保全和監測上的研究(2), 台北翡翠水庫管理局印行, 67頁﹒

曾晴賢, 1998, 櫻花鉤吻鮭族群監測和生態調查（ㄧ）, 雪霸國家公園管理處印行, 79頁﹒

曾晴賢、林宗以、蕭仁傑, 1997, 玉山國家公園拉庫拉庫溪水生生物相調查（二）, 玉山國家公園管理處印行, 122頁﹒

曾晴賢, 1997, 秀姑巒溪洄游性魚苗資源保育之研究, 行政院農委會保育研究報告,

曾晴賢, 1997, 溪流魚類生態調查技術簡介, 台中縣山城生態環境維護協會「河川攔河堰及防洪防砂對生態影響改善研究與宣導訓練--生態調查技術及宣導教育講習訓練計畫」研習手冊, ：21-32

曾晴賢, 1997, 櫻花鉤吻鮭族群生態調查和育種場位址評估, 雪霸國家公園管理處印行, 71頁﹒

曾晴賢, 1997, 魚類應用於翡翠水庫水質保全和監測上的研究, 台北翡翠水庫管理局印行, 59頁﹒

曾晴賢, 1997, 親水活動觀魚游--走入一個有趣的水生生態教室, 大自然, 56：32-40.

曾晴賢, 1997, 櫻花鉤吻鮭為何會瀕臨絕種？中台灣自然保育研討會論文集，17-23頁。

曾晴賢, 1996, 台灣淡水魚類生態與保育, 在農委會出版「台灣野生動物資源調查∼淡水魚資源調查手冊」第十四章, ：133-181。

曾晴賢, 1996, 櫻花鉤吻鮭族群數量和生態調查, 雪霸國家公園管理處印行, 40頁﹒

鄭明修、詹榮桂、馮豐隆、曾晴賢、楊正澤, 1996, 東北角海岸風景特定區自然生態資源調查與監測（二）, 觀光局東北角海岸風景特定區管理處印行, 184頁﹒

曾晴賢、林宗以等, 1996, 玉山國家公園拉庫拉庫溪水生生物相調查（一）, 玉山國家公園管理處印行, 72頁﹒

曾晴賢、陳懸弧, 1995, 躍動的生命－秀姑巒溪的生物世界, 東部海岸風景特定區管理處印行, 130頁﹒（印刷中）

曾晴賢, 1995, 一條自自然然的小河--雙溪, 大自然, 49：68-73頁﹒

曾晴賢, 1995, 櫻花鉤吻鮭復育研究, 雪霸國家公園管理處印行, 21頁﹒

曾晴賢, 1995, 基地調查與分析：動物（在黃世孟編，基地規劃導論）, 中華民國建築學會出版, ：197-214頁﹒

曾晴賢, 1995, 太魯閣國家公園砂卡礑溪魚道規劃之研究, 太魯閣國家公園管理處印行, 54頁。