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計算組

3D QSAR

以3D QSAR的方法建立HLA-DR4與其peptidomimetic抑制劑間的藥效基團model

Wei,H.Y., Tsai,K.C. and Lin,T.H.

Journal of Chemical Information and Modeling 45, 1343-1351 (2005).

以3D QSAR的方法分別建立HCV NS3 protease.與其truncated ketoacid與boronic acid based抑制劑間的藥效基團model並進行交互maping驗證

Wei, H.Y., Lu, C.S. and Lin, T.H.

Journal of Molecular Graphics and Modeling 26, 1131-1144 (2008).

以3D QSAR的方法建立FTase與其抑制劑間的CoMFA, CoMSIA,和Catalyst藥效基團model.並建立兩個consensus方程式把CoMFA, CoMSIA,和Catalyst藥效基團model consensus起來,並可增加活性的預測能力

針對PDE5蛋白以及目標藥物的分子動力模擬過程之範例

不同藥物的半有效劑量以及與電腦計算後與

PDE5蛋白的結合自由能的相關性

量子力學計算 QM/MM

MD 模擬, 基礎動力學分析, 計算 Binding Free Energy:
以分子動力學研究 Mithramycin Dimer 和 Decanucleotide Duplex 之間的交互作用
		1. 以MD 與 delta G 成功的模擬出 large tricyclic pentaglycosidic antibiotic 2. 藉由 trisaccharide flexibility 分析 1:1 與 2:1 之間的 binding recognition 3. 建構 MTR₂Mg²⁺ 和 DNA binding 的anti-cooperative 模型 Our MD simulation results show that the binding of two Mithramycin Dimer complexes with each being coordinated by a Mg²⁺ ion with the 10-mer DNA duplex is a somewhat anticooperative event, which agrees with that observed experimentally (Shih-Yuan Chen and Thy-Hou Lin, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9764)
以VMD展示 Mithramycin Dimer 和 Decanucleotide Duplex的 Dynamics model (作者陳仕元)

β-Ketoacyl-acyl carrier protein (ACP) synthase III (又稱為 FabH 或 KAS III)
β-Ketoacyl-acyl carrier protein (ACP) synthase III (又稱 FabH 或 KAS III) 在細菌脂肪酸合成過程中扮演了很重要的角色且具有調節的功能。 FabH 會啟動脂肪酸延長的反應鏈並利用產物進行負回饋抑制。FabH催化 CoA-attached acetyl group 和 ACP-attached malonyl group 進行濃縮反應，最後產生 acetoacetyl-ACP。整體而言， FabH所催化的脂肪酸延長反應可分成三個步驟：(1) transacylation (2) decarboxylation (3) condensation 在此次研究中我們利用 simplified model 和 truncated protein mode 來探討 transacylation 的過程，並利用密度泛函理論(DFT)來計算能量。
$C:\Documents and Settings\fcw\桌面\新資料夾 (3)\mechanism.JPG$
Transthioesterification (transacylation step of FabH) CH3COS R1 + HS R2 → CH3COS R2 + HS R1
$C:\Documents and Settings\fcw\桌面\實驗\0704\qst2-704.gif$	$C:\Documents and Settings\fcw\桌面\新資料夾 (3)\truncated.tif$
(作者傅建維)	(作者傅建維)