Homework #3

用Rasmol來標示一個protein的特色和能從結構上看出的用途

　　這次我所介紹的是一個G-protein coupled receptor，他是一個由7個helix所組成的 membrane protein receptor，它的名字叫Chick P2y1 purinoceptor，我們可以從它的結構中看了一些端倪。

　　左圖是藍色的部分是七個helix，而白色的部分是ATP故可推測protein是使用ATP－＞ADP＋Pi的能量轉換方式去傳輸物質的。

select helix
color blue
ribbon

select ATP
color white
sticks

　　左圖將hydrophobic的部份以紅色表示，而ATP以咖啡色表示，由圖中可看出沒有特別分佈在中間的部份，這令我感到困惑，如果說是membrane protein的話，應該membrane外是hydrophilic，membrane中間是hydrophobic，而這裡卻沒有這種趨勢，不知道為什麼。

select helix
ribbon
color [200,200,150]
select hybrophobic
color red
select ATP
color [150,150,50]
sticks

　　這裡將arginine用紅色標示出來，（白色則為NH2 group）可以發現均在membrane的表面之中，而蛋白質以此來穩定自己的結構。因arginine帶正電，可以和helix表面的COO－ decouplize而互相穩定。

spacefill
select helix
color [200,200,150]
select ATP
ribbon
color [200,200,150]
sticks
select arg
color red
sticks