Sequence analysis of MLH1 protein.
- To search protein file in SWISS-PROT Database
- To use analysis tools in ExPASy

1. Search human MutL protein homolog 1, Mlh1, in SWISS-PROT database. Give its (a) accession number, (b) entry name and (b) release date of last modification.
2. Give its number of amino acids, molecular weight and theoretical pI.
3. Calculate the total number of negatively charged residues and positively charged residues.
4. Calculate its hydrophobicity (Kyte & Doolittle scale, window size 11, Relative weight 60%).
5. Performe the trypsin (higher specificity) cleavage of the protein. (a) How many peptides will you get after cleavage? (b) Give the list of peptides with a mass bigger than 1000 dalton.

1. 從ExPASy Molecular Biology Server進入SWISS-PROT and TrEMBL，在"Quick Search"中輸入"MLH1"，可得到數個收尋結果，我們所要找的就是MLH1_HUMAN ，點選可得到其詳細資訊，它的編號(accession number)就是P40692，登記名稱(Entry name)為MLH1_HUMAN，最新更新日期為2005年2月。 網頁資料(一) Link

2. 在此頁的最下方可找到"Sequence analysis tools"，使用其中的"ProtParam"，預設為整個蛋白質序列，所以不用填入氮端及碳端的胺基酸號碼，按下"SUBMIT"便能得到此蛋白質的相關性質，包括胺基酸數為756，分子量為84600.9，pI理論值為5.51。網站資料(二) Link

3. 同樣在此頁中找到其他的性質，此分子所含帶負電荷的胺基酸有104個，帶正電荷的胺基酸有83個。

4. 回到可選擇分析工具處，使用"ProtScale"，可分析此蛋白質的疏水性，預設為此蛋白質，調整Window size為11，Relative weight調整為60%，並使用 "Kyte & Doolittle"的標準。按下"Submit"。同樣的由預設輸入，優能得到疏水性的計算和分析圖譜。 網站資料(三) Link

5. 選擇酵素切割的分析工具"PeptideMass"，預設為整個序列，在酵素選擇中使用"Trypsin(higher specificity)"，欲找到所有的片段，MC值選擇"0"，按下"Perform"即得到切割結果，總共有80種切割片段，而分子量超過1000的有33個。 網站資料(四) 分子量大於1000的片段