Multiple Sequence Alignment of MLH1 protein.
- To do Multiple Sequence Alignment in Biology Workbench
- To draw phylogenetic tree from alignment

1. Add MLH1_Human protein to the Biology Workbench. Predict its secondary structure by GOR4.
2. Do a homology searching of MLH1_Human in Genpept Full Release Database. Import MLH1-like protein of C. elegans, S. cerevisiae, D. melanogaster, R. norvegicus and M. musculus to your workbench. Run CLUSTALW to get multiple sequence alignment for these six proteins.
3. Perform BOXSHADE program to get a color-coded plot for the results of question 2.
4. Draw rooted phylogenetic tree for these proteins.

1. 使用自己的帳號進入WorkBench後，再進入"Session Tools"，建立一個新的工作，在"Protein Tools"內的"Ndjinn"搜尋基因資料。 鍵入"MLH1"並勾選"PIR"後進行尋找，可以找到"DNA mismatch repair protein MLH1 - human"，勾選後輸入工作列表中。 使用GOR4執行工作，勾選"Long Form"可得到其二級結構的預測。 執行結果 (可用Word來閱讀檔案)

2. 在搜尋資料庫中勾選"Genpept"，鍵入"MLH1"進行搜尋，便能找到這些基因。將這些基因輸入工作列表內，使用CLUSTALW進行基因比對，可得到比對結果。並且按下"Import Alignment"可將這些基因組合成一組。 序列比對 演化關係圖 比對資料

3. 使用"Alignment Tools"內的BOXSHADE進行序列比對分析。 比對結果

4. 將這組序列資料使用DRAWGRAM來畫出關係圖。 繪圖結果