Comparative Protein Modelling by SWISS-MODEL
- To make a protein model by homology modelling

1. Make a protein structure model of MLH1 based on the protein you find in assignment 7. Show their pairwise alignment.
2. How large is the fragment of MLH1 possible to be modeled?
3. Show three rasmol pictures of your model of MLH1?

1. 連上SWISS-MODEL的網站，點選左邊"MENU"中的"First Approach mode"，依序填入電子郵件位置、姓名、搜尋標題，從PDB網站找到FASTA模式序列，填入下方的空格中，按下"Send Reuest"。之後網站便會寄來幾封有關搜尋結果的信件，其中一封附有結構預測的結果。另外，在網站左上方的"MENU"中有個"search"，可輸入序列進行搜尋，找到數個附合序列的結果，我們要的是1BKNA及1BKNB，點選"Detail"可以看其詊細資訊，其中就有序列比對結果。 1BKNA 1BKNB Link

2. 由比對結果可得知：1BKNA(N-TERMINAL 40KD FRAGMENT)含有272個胺基酸，1BKNB(N-TERMINAL 40KD FRAGMENT)含有271個胺基酸。

3. 利用Rasmol開啟檔案，可選取不同的表示方法或是上色，儲存圖檔。 (a)以"cartoons"表示，依"structures"上色。 (b)以"ribbons"表示，依"temperature"上色。 (c)以"backbones"表示，依"chains"上色。 (a) (b) (c) PDB原始檔