Summer Research

Methods

這次我們做的實驗是要驗證XRCC1中codon194和codon280的polymorphism是否跟乳癌的產生有關。因為是single base polymorphism，我們便利用PCR-RFLP（Polymerase Chain Reaction － Restriction Fragment Length Polymorphism）的技術來做這個實驗。
PCR-RFLP（Polymerase Chain Reaction － Restriction Fragment Length Polymorphism）是指先以PCR快速而有效的放大微量的DNA，再利用限制脢進行polymorphism分析的實驗方法。在codon194中，我們發現在polymorphism的位置剛好有CAGCTG的序列，剛好可以讓PvuII辨認的切點；在codon280中，也在polymorphism的位置發現有GTAC的序列可以讓RsaI辨認。
 
  我們實驗的流程是這樣的：sample → PCR → 電泳 → 加限制脢(overnight) → 跑電泳(分析結果)
  我們已經知道在codon194中，我們用兩個primer所夾出來的sequence長度為173bp，用PvuII切出來的片段分別為116bp和57bp。在正常的情況下，若該sample的codon194是CGG/CGG的話，會出現173bp一條亮線；是CGG/TGG則會出現173bp、116bp、57bp三條亮線；而TGG/TGG則會出現兩條亮線。但由右邊的電泳圖來看，發現出現了一條不是在預期之中的亮線，出現在173bp和116bp之間，一開始我們懷疑它是雜訊，於是再做了幾次，發現那條亮線還是存在，因此我們懷疑我們所夾到的sequence中還有另一個polymorphism。後來發現在靠近reverse primer附近有另一個polymorphism（GGT → GCT）也會被PvuII辨認出來而切斷。我們便由重新找ㄌ另一個reverse primer包含這一個點，使PCR出來的sequence中只存在GGT，這樣PvuII只會辨識我們要找的那個點，而新的sequence是155bp，PvuII切了之後是116bp跟39bp。右下那一張電泳圖則是修正之後所做出來的。
  在codon280的實驗中我們用兩個primer所夾出來的sequence長度為232bp，用RsaI切出來的片段分別為171bp和61bp。在正常的情況下，若該sample的codon280是CGG/CGG的話，會出現171bp和61bp兩條亮線；是CGG/TGG則會出現232bp、171bp、61bp三條亮線；而TGG/TGG則會出現232bp一條亮線。
實驗結果如右圖所示。