花色創新
改變植物性狀的方法從古至今可分為下列幾種：
1. 雜交育種：
傳統花色選殖是利用雜交(hybridization)方式，困難點在於特定育種株可用之基因有限，即一物種所包含之花色變異很有限，即使能以雜交方式進行花色改良，又常因與不良性狀的連鎖作用(linkage)，導致雜交品種可能會喪失原有品種的優良特性。此外，雜交只能在同物種間進行，想在不同物種間傳送基因，例如把冬瓜抗病毒病基因傳到西瓜裡去，用傳統育種技術更是做不到，如果想要把動物基因轉移到植物身上去，那更是天方夜譚。
2. 誘變(mutagenesis)：
用來創造植物變異或新性狀的好方法，亦可用來創造新花色。然而，誘變僅能對一物種已有的基因造成變異，沒辦法無中生有；假如對原本就缺乏花色合成途徑之花卉進行誘變，結果也是枉然的。此外，誘變處理是逢機發生的，經常會產生許多不可預期的性狀變異，必需花費更多的時間、人力來選殖目標株。
3. 轉殖基因技術：
理論上，利用生物技術可將異源基因轉移至任一缺乏此基因之目標物種，提供新性狀。假如能夠充分了解目標花卉之色素生合成基因的功能及產物，探討其色素生合成之障礙，即可利用生物技術，將特定之花色基因，由另一物種分離、構築，再轉移至此目標作物品種，突破種間雜交之障礙，創造新的花色品種。
基因轉殖試驗可利用多種方法，其中最常見的是「基因槍」(gene gun)。其操作原理簡單地說，是將攜帶特殊基因之DNA，吸附在「金」粒子(golden
partical)上，然後在一個密閉真空的機器裡，利用氦氣急速推動，打入植物材料（例如葉片、莖節、鱗片、莖頂、癒傷組織等等）的細胞核中，使這外來的DNA中帶有特殊基因之片段，嵌入植物體本身染色體的DNA裡，成為植物染色體之一部份，這個步驟就稱之為「轉殖」。之後這些經過基因轉殖的細胞，逐漸發育成為植株，於是外來的基因便會在這些轉殖植物體上表達出來，進而達到基因改造的目的。
植物基因轉殖的應用範圍，包含了改變花卉作物的花色、花型、香味、產期、產量、抗蟲、抗病、耐逆境、花卉保鮮及抗老化、甚或使其生產藥物或蛋白質等，以下則針對基因轉殖的應用作一些簡單的介紹。
創新花色花卉具有怡情養性、美化人生的效果。而花色是決定花卉作物產業及商品價值之重要因素之一。台灣有許多花卉作物如晚香玉、台灣鐵炮百合及文心蘭等，因可供利用的花色種原有限，育種家所能育出之花色亦受限制，雖然其花型優美高貴或是具有香味，但可供消費者選擇之品種顏色太少，而無法大眾化銷售。部分花卉如菊花、蝴蝶蘭、百合等，雖然花色種類已相當多，卻缺乏特定花色之品種，如藍、紫色系列。因此，改變花色甚至創造新花色，增加其商品價值，已成為花卉作物品種改良之重要目標。
影響花瓣顏色之主要成份為，葉綠素(chlorophyll)，胡蘿蔔素(carotenoids)及花青素(anthocyanins)等，特別是花青素，通常會有數種花青素與類黃素(flavonoids)共同存在於表皮細胞之液泡內，決定最終之花色表現。
參與花青素生合成之基因種類頗多，依其產物之作用機制可分為下列四群：
1. 花青素及類黃醇主成份合成基因，如chalcone synthase (CHS)，chalcone isomerase
(CHI)等。
2. 花青素之甲基化或羥基化基因，如methyl transferases，flavonoid 3'-hydroxylase
(F-3'H)。
3. 花青素之糖化(glycosylation)或醯化(acylation)基因，如dihydroflavonol reductase
(DFR)，UDP-flavonoid glucosyl transferase (UFGT)。
4. 參與花色變化而不影響花青素之化學結構之基因，如控制花芽分化與開花之基因及各種調節基因等。
這些複雜的基因作用及各種色素成分之共色性(co-pigmentation)的共同作用，將決定最終之花色。 例如，將可生產藍色及紫色之飛燕草素(delphinidin)的藍色基因(blue gene, flavonoid 3', 5'-hydroxylase)分離，並轉移至無此產物之花卉，將可創造出藍色或紫色花之新花卉品種。因此，以生物技術輔助花卉育種，將是創造新花色品種的新途徑。
改變花型 -- 重瓣花
有一個Agamous(AG)的基因，在植物中若此基因失去功能，花朵的雄蕊與雌蕊皆會變成花瓣，因而形成重瓣花。以百合花為例，雖然色彩豐富、花形美麗，但雄蕊之花藥常困擾消費大眾，若能改造出沒有雄蕊且重瓣的百合花，應會更受消費者青眛。
控制開花時間
每種植物都有特定的開花時間，而開花時間是受外界環境因子，如光照長短與溫度高低，及本身內在因子，也就是基因，兩者交互控制的。因此，植物可能因為某個基因失去作用而造成提早或延遲開花的結果。例如從阿拉伯芥中被選殖出來的LEAFY基因，此基因能促進開花時間的提早，若將之轉入白楊樹，使其大量表現，則原本需十幾年才會開花的白楊樹，可以縮短至六個月就開花。因此，若能善用調控開花時間之基因，我們就可以任意地調節產期或花期，以降低產銷失衡的情形。
